在高教深耕第一期中，校務研究相關業務由副校長室、秘書室與教務處教資中心負責。除了完成多項研究報告外，也為本校校務研究後續發展奠定良好基礎。

高教深耕第二期，由研發長組成「規劃小組」，負責校務研究整體規劃、資訊技術探討、試作。接續根據法規成立「校務研究推動小組」，由校長擔任召集人，研發長擔任執行秘書，成立「校務研究辦公室」，下設研究專員。負責校務研究議題選定、研究分配與執行。另外由校內教職員組成「校務研究社群」負責議題研究與相關技術研討。